《EVA 新世纪福音战士新剧场版3.33:YOU CAN (NOT) REDO》。在第二部《破》的尾段,明日香不幸被第三使徒精神污染及侵食,生死未卜,但在最后的预告中却出现了戴着眼罩的明日香。而这样的独眼明日香就是驾着『改二号机』,在本作最先出场。时间已是《破》完结的14年之后,明日香28岁,而美里已经40多岁了!第三新东京市已消失……葛城美里带领着原属NERV的一些人员,脱离了NERV,成立了新的组织WILLE与NERV对抗,目标是要歼灭所有隶属NERV的EVA。铃原东治的妹妹也在美里这个组织工作。在本作出场的还有渚薰,他将与被封印在初号机里14年后,苏醒过来的真嗣一起驾驶13号EVA出动。
人理續存保障機構·迦勒底,對於僅憑魔術無法看見的世界,僅憑科學無法計算的世界進行觀測,為了讓已被證明會滅亡於2017年的人類史存續下去,日夜持續着活動。人類滅亡的原因,是在歷史上數個地點突然出現的「無法觀測領域」——「特異點」。迦勒底唯一殘存的御主·藤丸立香,與亞從者瑪修·基列萊特一同介入這些特異點的事象,從而執行將其解明或破壞的禁斷儀式——「聖杯探索 Grand Order」。這一次新發現的是第七個特異點——紀元前2655年的古代美索不達米亞。由結束了不老不死靈草的探索的「天之楔·賢王吉爾伽美什」所統治,以繁榮而自豪的烏魯克之地,在三柱女神及眾多魔獸的蹂躪下面臨滅亡的危機。以及,通過前往過去的時間旅行——「靈子轉移」而到達烏魯克之地的藤丸與瑪修,所遇到的是阻擋住魔獸猛攻的要塞都市·絕對魔獸戰線,以及人們那即使暴露於威脅之下仍然拚命求生的樣子。襲來的諸神與魔獸。以及對其反抗的人類——。這裡是人與神分道揚鑣,命運的時代。跨越了六個探索(Order)的兩人——藤丸與瑪修所挑戰的最後一戰開始了。
旅行中的奇诺和艾尔梅斯来到了一个科学高度发达的文明国家。在安定的环境下,该国家人民均生活在巨蛋之内。一方面,这个国家是由杰出人士们创造出来的“开拓地”,然而另一方面,他们又同时渴望着巨蛋之外真实的阳光和土地。奇诺和艾尔梅斯经过严格的消毒之后进入了巨蛋。在那里,遇到了少女伊莱沙…--世界は美しくなんかない そして それ故に 美しい----The World Is Not Beautiful, Therefore It Is----这个世界并不美丽,然而,又因此而美丽--